Salah satu tantangan terbesar adalah memastikan pembangunan berjalan sesuai jadwal dan anggaran. Proyek IKN membutuhkan investasi besar sehingga pengelolaan dana dan kerja sama dengan investor menjadi faktor penting dalam keberhasilan pembangunan.
Tantangan lainnya adalah menjaga keseimbangan antara pembangunan dan kelestarian lingkungan. Kawasan Nusantara berada di wilayah yang memiliki kekayaan alam sehingga pembangunan harus dilakukan dengan prinsip kehati-hatian agar tidak merusak ekosistem.
Selain itu, Otorita Ibu Kota Nusantara juga perlu memastikan masyarakat sekitar tetap mendapatkan manfaat dari pembangunan IKN. Keterlibatan masyarakat lokal menjadi faktor penting agar kehadiran ibu kota baru memberikan dampak positif bagi seluruh pihak.
